Situata lungo uno degli assi viari della regione, la Via Traiana, a metà strada tra Bari e Brindisi sorgono le rovine di questa antica città le cui origini pare risalgano all’età del bronzo (XV – XIII a.c). Di particolare interesse le tombe messapiche e il loro corredo di vasi in ceramica dipinti a mano che si possono ammirare nel museo archeologico adiacente. La basilica civile, l’anfiteatro e il foro, invece, costituiscono il centro monumentale della città formatasi successivamente alla romanizzazzione. Le prime notizie su Egnazia (Gnathia) ci sono fornite dal geografo Greco Strabone, alla fine del I secolo a.C., e dal poeta latino Orazio, che vi passò nel 38 a.C. in occasione di un suo viaggio famoso da Roma a Brindisi. Dagli antichi autori, così come dalle più tarde fonti itinerarie, siamo informati quasi soltanto della posizione di Egnazia; sul mare, al confine tra Peucezia (Terra di Bari) e la Messapia (attuale Salento), a metà strada fra Bari e Brindisi lungo quello che già in antico era uno degli assi viari della regione. 
Il centro monumentale della città comprende: la basilica civile, ilsacello delle divinità orientali, le tombe messapiche, il cosiddettoanfiteatro, il foro, mentre i quartieri di abitazione si sviluppano dall’altra parte della via Traiana. Ai secoli fra il IV e il VI risalgono le due basiliche paleocristiane di Egnazia.
La distruzione della città è tradizionalmente collegata alla discesa dei Goti; ma almeno fino al IX secolo Egnazia esisteva, anche se ridotta ad un piccolo insediamento fortificato sull’acropoli.